尧、舜、夏、商、周时代，高唐属兖州之域。春秋时为齐国西界，战国时为齐之西邑，境接赵、卫。

公元前221年，秦分天下为三十六郡，高唐属东郡。

公元前206年，汉新置高唐县，属青州部平原郡。

220年魏朝建立，设十二州七十五国、郡，高唐属青州部清河郡。

265年（晋武帝泰始元年）高唐属新置之冀州部平原国。

317年以后，为避战乱，晋室官吏及部分地方百姓南渡，至今安徽省境江淮间，建立起侨居高唐县制，隶属侨置之南平原郡，原境高唐县废。现安徽省霍邱县西30公里处尚有名曰高唐集的村镇，即当时侨置高唐县之所在。

420年后，南北朝时，刘宋疆域北扩，占据了山东中部和东部，原高唐县境仍被北魏所据。432年（文帝元嘉九年），侨置高唐县由安徽省迁至山东省梁邹长山（即今邹平县东长山的高唐庄），属侨置冀州东平原郡。

469年（北魏皇兴三年）冀州更名齐州，高唐县属齐州侨东平原郡。556年（北齐天保七年）迁侨县治所于黄巾堌，即今济南市章丘区水寨，仍属东平原郡，到596年（隋开皇十六年）改侨高唐县为章丘县。

502年（北魏景明三年）原址复置高唐县（与侨置县制并存），属始建济州南清河郡。

556年（北齐天保七年），废南清河郡，高唐县城迁至废郡城（即今现城址）。高唐县改属济州部清河郡。

581年（隋开皇元年），高唐属冀州部清河郡。596年（隋开皇十六年）置博州，高唐改属博州。607年（隋大业三年），又改属冀州部清河郡。

627年（唐太宗贞观元年），分全国为十道，高唐属河北道博州博平郡。唐末属魏博节度使。

907年，五代十国开始，梁、唐、晋、汉、周相继统治中国北方，高唐县俱属河北道博州。

960年（宋太祖建隆元年），分全国为十五道，高唐属河北道博州。994年（宋淳化五年）改道为路，高唐县属河北东路博州。1078年（宋神宗元丰元年）析为23路，高唐县属河北东路博州博平郡。 

1128年后黄河以北俱被金军占领，高唐为金所辖。金承宋制，在北方分19路，高唐县属山东西路博州博平郡。

元朝在全国设1个中书省和11个行省，行省下设路、府、州、县。高唐初属大名路，后属东平路。1266年（至元三年）改博州为东昌，高唐属东昌路。1270年（至元七年）于高唐县置高唐州，领三县：恩县、夏津、武城。高唐州直属中书省。

明朝改行省为布政司，废路存府、州。1368年（明太祖洪武元年），高唐设置为州，统三县：恩县、夏津、武城。高唐州直属山东布政司。后改属东昌府，不领县。

清初全国设18个行省（光绪年间增至23个行省），省下设府（直隶州）、县（州）两级。高唐州属东昌府。1730年（雍正八年），高唐州升为直隶州，割济南府之禹城、平原、临邑、陵县4县属之。1734年（雍正十二年）仍改隶东昌府，所领各县回归济南府。

1912年（民国元年）改高唐州为县，属山东东临道。1928年（民国17年）废道直隶山东省府。抗日战争时期，共产党县机关，属中共鲁西北特委。1945年县城解放，高唐隶属中国共产党领导的冀南行署第二专署。中华人民共和国成立后，高唐改属平原省聊城专区专员公署。

1950年将茌平县侯桥等11个村庄划归高唐县。

1952年撤平原省，高唐随聊城专署改属山东省聊城专区专员公署。

1956年3月撤销清平县后，将其旧城镇划入高唐县；同时将茌平县琉璃寺乡划归高唐县。

1958年12月，国务院批准撤销禹城县全境并入高唐，

1961年10月恢复禹城县，高唐县仍辖原境。

1967年聊城专区改称地区，高唐县属山东省聊城地区行政公署。

1998年，聊城地区改为聊城市，高唐县属山东省聊城市至今。